Управление КГАОУ ДПО ХК ИРО  осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

В КГАОУ ДПО ХК ИРО созданы и функционируют следующие коллегиальные органы государственно-общественного управления: Ученый совет, общее собрание работников КГАОУ ДПО ХК ИРО , наблюдательный совет, совет трудового коллектива, выборный профсоюзный орган.

Деятельность советов носит государственно-общественный характер и позволяет учитывать общественное мнение при планировании и реализации образовательной и финансово-хозяйственной деятельности КГАОУ ДПО ХК ИРО.

Общее руководство деятельностью КГАОУ ДПО ХК ИРО осуществляет выборный представительный орган – Ученый совет. Срок полномочий его состава составляет пять лет. В состав совета входят 23 человека: ректор, который является его председателем, проректоры, директора центров, начальники отделов, заведующие кафедрами и представитель министерства образования и науки края. Полномочия Ученого совета определены уставом Института и Положением об Ученом совете. Заседания Ученого совета проводятся ежемесячно по утвержденному годовому плану работы. 

В результате выполнения организационно-штатных мероприятий усовершенствована структура КГАОУ ДПО ХК ИРО, направленная на повышение эффективности управления персоналом. Проведена оптимизация штатной численности, в связи с чем штат персонала сократился на 41 ставку. 

Согласно распоряжению Правительства Хабаровского края от 24 сентября 2020 г. №1017-рп «О создании краевого государственного автономного образовательного учреждения дополнительного профессионального образования «Хабаровский краевой институт развития образования» с 12 ноября 2020 г. КГАОУ ДПО ХК ИРО изменил тип учреждения с бюджетного на автономное. 

Проректоры по основным направлениям деятельности КГАОУ ДПО ХК ИРО координируют работу по реализации и развитию концепции КГАОУ ДПО ХК ИРО, задач, предусмотренных Уставом, выполнению количественных и качественных показателей государственного задания и руководят деятельностью следующих структурных подразделений: 

- центры: проектно-аналитической работы, профессионального самоопределения и наставничества, учебно-методической работы, цифровой трансформации образования, дополнительных профессиональных программ, системных инноваций, общего образования, коррекционного и инклюзивного образования, непрерывного повышения профессионального мастерства педагогических работников, развития и оценки профессионального образования, развития движений Ворлдскиллс и Абилимпикс, молодежных инициатив, кадровой работы и документационного обеспечения, хозяйственной и информационно-технической работы, редакционно-издательской работы; 

- отделы, не входящие в структуру центров: развитие инновационной и научно-исследовательской работы, бухгалтерского учета и отчетности, финансово-экономической работы и государственного задания, правовой работы и организации государственных закупок;

- кафедры: педагогики и психологии, теории и методики обучения, менеджмента в образовании.

Все сотрудники КГАОУ ДПО ХК ИРО работают в условиях эффективного контракта по показателям, позволяющим оценить результативность их деятельности и качество выполняемых должностных обязанностей.